在申报规则上，北交所要求单笔申报数量最低为100股，但每笔申报可按1股为单位递增，这意味着投资者可灵活买卖101股或150股等非整数倍数量；不过卖出时，持仓不足100股的部分必须一次性申报清仓。价格申报范围在连续竞价阶段有限制，申报价不得高于即时最低卖出价的102%或低于最高买入价的98%，防止过度偏离市价导致无效单，这些规则提升了交易的安全性。
涨跌幅限制是北交所交易的关键特征，新股上市首日不设涨跌幅但实施临时停牌机制，当股价波动达30%或60%时暂停10分钟，上市次日及以后每日涨跌幅限制为30%，高于主板和创业板的10%-20%幅度，这放大收益潜力的同时要求投资者强化风险意识，避免盲目追涨杀跌。交易机制实行T+1规则，买入股票需次日才能卖出，确保市场稳健。
盘后固定价格交易作为补充方式，在收盘集合竞价结束后进行，投资者可按当日收盘价申报买卖，系统按时间优先原则撮合成交；大宗交易则适用于大额订单，单笔申报不低于10万股或100万元金额，这些机制为不同类型投资者提供多样化选择，增强市场流动性。
